Lundeberg, Joakim Wilhelm Mikael – Exploration of early events in cancer in situ

Bakgrund

Vi har utvecklat, publicerat och använt en ny metod, Spatial Transcriptomics (ST), för att studera cancer. Med ST kan man analyser alla RNA-molekyler i ett vävnadssnitt. Genom att fästa specifika små adresslappar på RNA-molekyler kan man utvinna information om var en specifik RNA-molekyl är belägen i vävnaden. Detta tillför en ny dimension till analysen som är oerhört värdefull. Vi har med denna metod tagit ett första steg mot en generell analys där man kan använda AI (maskininlärning) för att i detalj beskriva vad en tumör innehåller för strukturer.

Beskrivning

I den nuvarande ansökan syftar vi mot att utöka vår analys till att även inkludera arvsmassan (DNA). Vi vill hitta de första molekylära signaturerna på en avvikelse från en 'normal' arvsmassa och på detta sätt koppla ihop cellers morfologi med både mRNA (aktiva generna) och DNA (arvsmassan). Denna typ av analys skapar mycket stora datamängder och därför behöver vi även utveckla nya bioinformatiska verktyg för att kunna identifiera molekylära mönster. Våra initial försök visar att vi kan skapa evolutionära träd av cancern med ett ursprung i en normal cell.

Mål

Utifrån planerade studier av ett flertal olika tumörformer söker vi finna ett svar på vilka förändringar i arvsmassan som är viktiga för att en tumör skall etablera sig. Förhoppningen är att bättre förstå små initiala förändringar som inte kan uppfattas genom att studera en vävnad i ett mikroskåp. Detta kommer ge ovärderlig information kring en tumörs utveckling och spridning.