Charting the 3D Nucleome of Cancer Cells

Bakgrund

I varje mänsklig cell finns två meter DNA tätt packat i cellkärnan, vars radie är en miljon gånger mindre. Strukturen hos den här ihoppackningen är viktigt för att gener ska bli uttryckta vid rätt tidpunkt och i rätt celltyp. Tyvärr så blir cellkärnor ofta deformerade i tumörer och delar av genomet, vilka normalt sett är frånskilda, blir ihopslagna eller förloras. Vi vet att dessa förändringar påverkar hur DNA är packat i cellkärnan och att detta bidrar till förändringar i genfunktioner kopplade till sjukdomar.

Beskrivning

I det här projektet vill vi få en detaljerad förståelse för hur DNA är packat i cancercellens kärna och förstå hur en plötslig förändring i DNA-sekvensen påverkar packningens struktur. Vi kommer använda oss av avancerade metoder, såväl experimentellt som beräkningsmässigt, för att: (i) mäta strukturen hos miljontals cellkärnor i olika tumörtyper; (ii) studera hur DNA är packat hos de mest aggressiva bröstcancertyperna, vilka har en stor mängd mutationer; (iii) förstå hur enstaka mutationer i DNA-sekvensen kan leda till en förändring i hur DNA är packat i cellkärnan, och hur detta kan leda till uppkomsten av cancer.

Mål

Med det här projektet siktar vi på att fördjupa förståelsen av hur DNA är organiserat i cancerceller. Vunna insikter kommer: (i) underlätta patologer att diagnostisera cancer bättre och att klassificera olika tumörtyper; (ii) ge oss en djupare insikt om vad som går fel i cellkärnan vid mycket aggressiva bröstcancertyper, vilket i sin tur kan ledat till nya terapeutiska mål; (iii) avtäcka mekanismerna med vilka cancerorsakande mutationer stör den normala DNA-arkitekturen i cellkärnan, vilket i sin tur kan ge indikationer på möjliga strategier för att förhindra tumörspridning.