Lundeberg, Joakim Wilhelm Mikael – Cancer Ecosystems And Its Molecular Components

Bakgrund

Vi har utvecklat en metod, Spatial Transcriptomics (ST), som gör det möjligt att studera genaktivitet i vävnadssnitt och vidare hetereogenitet i cancerprover. Metoden analyserar alla gener i ett prov och med bioinformatiska verktyg kan vi visualisera och jämföra de datagenererade resultaten med provets histologi. Oftast ger en genaktivitetsanalys en betydligt högre upplösning än traditionell mikroskopi och kan särskilja olika tumörkloner som man inte kan se med blotta ögat. Detta tillför en ny dimension till canceranalysen som är oerhört värdefull.

Beskrivning

I den nuvarande ansökan siktar vi mot att utöka vår analys av tidiga genetiska förändringar i prostatavävnad. Vi kommer dels analysera existerande biobanker för att kartlägga förekomst och frekvens av tidiga mutationer, men även studera ‘frisk’ prostatavävnad för att leta efter initiala förändringar. Ny egenutvecklad metodik kommer tillämpas för dessa delprojekt. Vidare har vi inom bröstcancerfältet genomfört en stor spatiell studie där vi har skapat en översikt av förändringar under tumörutvecklingen. Detta projekt baseras på tidigare fynd där vi sett hur olika tumörkloner skapat sina egna ekosystem av celler och metaboliter i vävnaderna.

Mål

Målen med forskningsplanen är att generera nya (i) spatiella data från prover insamlade från biobanker med prostatavävnad där förekomst av ‘precursor’-mutationer ska kartläggas, samt generera (ii) data baserat på kartläggning av metaboliter och immunaggregat bland bröstcancerprover, som kommer att bli en del av en större bröstcanceratlas. Målet är att få en bättre förståelse av tumörkloner och deras ekosystem av omgivande celler.