Soneji, Shamit – Developing a virtual reality platform for the visualisation and analysis of spatially resolved 3D cancer data.

Bakgrund

Människokroppen har ca 20 000 gener och varje cell i kroppen är definierad av vilka av dessa gener som är aktiva och hur aktiva de är. Vi kan mäta genaktivitet i både normal- och cancervävnad vilket leder till frågan “hur skiljer sig genaktiviteten i cancervävnad jämfört med frisk vävnad?”. Den här enkla frågan har lett till många viktiga upptäckter om cancer, men en nackdel har varit att för att kunna mäta genaktiviteten i en tumör så behöver tumören brytas isär och i och med detta så går viktig information förlorad. Numera kan man göra detta och samtidigt hålla tumören intakt och på så sätt återskapa en 3D bild av genaktivitet i cancer.

Beskrivning

Att undersöka data om tredimensionell genaktivitet är svårt på vanliga datorskärmar. Vårt mål är att utveckla ett intuitivt program som cancerforskare kan använda för att visualisera och analysera denna extremt komplexa data i virtual reality. Genom att placera flera olika typer av information som samlats in under experimenten i en och samma miljö kan man få ut så mycket som möjligt ur sin data. Vi använder oss av en teknik som ofta används för att utveckla spel vilket ger oss en fördel när vi skapar ett “flerspelarläge” där forskare från hela världen kan mötas i en virtuell värld och analysera data tillsammans.

Mål

Vårt mål är att utveckla ett program som i stor utsträckning används av cancerforskare i Sverige (och världen i stort) för att snabbt och effektivt skapa sig en förståelse för den data de samlar in. Samtidigt kan de använda vår mjukvara för att dela med sig av data och samarbeta på ett smidigt sätt. I sin helhet kan forskare alltså maximera informationen de kan få ut från sina experiment och samtidigt minska tiden det tar att göra det.