Crosetto, Nicola – TRACing the Evolution of genomic Rearrangements during neoadjuvant therapy to improve breast cancer patient outcomes (TRACER)

Bakgrund

Genomiska omarrangemang (GR) såsom somatiska kopietalsförändringar (SCNA), strukturella varianter (SV) och extrakromosomal cirkulära DNA (eccDNA) är kännetecken för cancergenom. Luminal B (LumB) bröstcancer (BC) är en aggressiv typ av BC som tros vara driven av GR. Tyvärr saknas en djupgående karakterisering av GR-landskapet i LumB-BCs och en förståelse för hur GR korrelerar med respons på terapi och överlevnad. Dessutom är kliniska tillämpningar av GR som prediktiva/prognostiska biomarkörer och potentiella terapeutiska mål i LumB-BC i stort sett outforskade, vilket detta projekt vill ändra på.

Beskrivning

Först tillämpas en mängd banbrytande sekvenseringsteknologier, inklusive encells- och så kallade long-read DNA-sekvensering, för att skapa den första atlasen av GR i LumB-BC-biopsier och plasmaprover som samlats in vid olika tidpunkter under neoadjuvant terapi och postkirurgi i den kliniska prövningen PREDIX-LumB som leds av Karolinska Institutet. Vi använder sedan toppmoderna bioinformatiska- och beräkningsmetoder för att mäta intra- och intertumörheterogenitet, bedöma om/hur GR förändras under terapi samt korrelera dess typ och temporala dynamik under neoadjuvant terapi med kliniska resultat.

Mål

Som expert inom genomiska metoder, ursprungligen utbildad i medicinsk onkologi, är mitt långsiktiga mål att flytta banbrytande sekvenseringsteknik från grundforskningslabb till klinik – för att förbättra den molekylära klassificeringen av mänskliga cancerformer; utveckla genomiska biomarkörer och identifiera nya terapeutiska mål. Specifikt för detta projekt är att jag syftar till att avslöja biologin hos GR i en utbredd grupp av aggressiva bröstcancer och slutligen etablera kliniskt användbara GR-baserade biomarkörer för att identifiera högriskpatienter i denna grupp, som kan dra nytta av mer aggressiv behandling och intensivare uppföljning.