Lekholm, Erik Johan Larsson – Somatic mutation hotspots and genomic mutation rate heterogeneity – translational application and improved tools for driver gene detection

Bakgrund

Mutationer i DNA kan bidra till att friska celler omvandlas till tumörceller. En stor utmaning är att skilja viktiga 'drivande' mutationer från icke-funktionella 'passagerare', vilka utgör merparten. En indikator som visar på att en mutation kan vara viktig är att den återkommer ofta i flera oberoende tumörer. Korrekt tolkning av sådana signaler kräver dock en förståelse för hur mutationer uppstår och fördelar sig slumpmässigt över kromosomerna. Vi har under senare år skaffat mer kunskap om detta och identifierat specifika positioner i genomet som är hyperkänsliga för UV-ljus och därmed muteras lätt i hudcancer utan att vara drivande.

Beskrivning

I detta projekt kommer vi utgå från resultaten i dessa studier. Vi kommer utveckla förbättrade bioinformatiska verktyg, som ämnar att göra det lättare att skilja drivande mutationer från passagerare, och som även kan ge insikter om de mutationsprocesser ligger till grund för tumörers utveckling. Vi kommer också utvärdera ifall UV-hyperkänsliga positioner i genomet kan vara användbara för cancerdiagnostik, specifikt i melanom.

Mål

Projektet ämnar att förbättra tolkningen av återkommande mutationer i cancer, vilket i förlängningen kan bidra att knyta nya gener till tumörutveckling och därmed föreslå nya måltavlor för cancerbehandling. Projektet har också som mål att etablera nya biomarkörer för förbättrad diagnostik av hudcancer, under och efter behandling.