Söderberg, Jan Ola – The role of single-stranded DNA breaks in the regulation of gene expression

Bakgrund

Vi har utvecklat en metod, STEEL-seq, för att kunna upptäcka små brott i DNA-strängen, så kallade enkelsträngade DNA-brott (SSBs). Med denna metod såg vi att SSBs finns i de regioner av DNA som bestämmer om en gen ska läsas av. Våra resultat visar att SSBs inte bara är en del av DNA-reparation utan också kan styra geners aktivitet. Om vi förstår vilka enzymer som skapar dessa brott, kan vi potentiellt utveckla läkemedel som kan blockera dem och därigenom påverka geners uttryck. Detta skulle kunna bli en ny strategi för att behandla sjukdomar som cancer, där vissa gener är överaktiva och bidrar till sjukdomsutvecklingen.

Beskrivning

Vår nya analysmetod, STEEL-seq, ger oss möjlighet att studera var SSBs finns. Fyndet att SSBs framförallt bildas i promotor regioner av DNA och verkar vara kopplat till genaktivitet kommer vara relevant för alla typer av cancer. Det kan ha betydelse för hur cancerceller ökar eller minskar produktionen av vissa cancerrelaterade proteiner. Målet med projektet är att använda denna kunskap till att hitta läkemedelskandidater som kan förhindra bildandet av dessa SSBs och därigenom, på sikt, få nya behandlingar mot cancer.

Mål

Målet med projektet är att ta reda på vilka enzym det är som orsakar SSBs i promotor regioner. Vi vill ta reda på hur mycket dessa klipp påverkar geners uttryck. Dessutom vill vi ta fram läkemedelskandidater som kan förhindra bildandet av SSBs, för att därigenom kunna återställa obalanser i cancerceller för att göra de mer normala eller döda cancercellerna. Då alla gener har olika promotor regioner, så kommer flera av dessa läkemedelskandidater kopplas ihop, eller användas ihop, för att bara stänga av rätt gener.