Bienko, Marzena Magda – Illuminating spatial chromatin biology in tumors with 0-tissue-loss omics

Bakgrund

Tumörbiopsier är en ovärderlig resurs för att studera intratumoral heterogenitet (ITH) samt hitta nya biomarkörer och möjliga behandlingsmål. Tekniker som högkapacitets-mikroskopi och sekvensering, bl. a. Spatial Transcriptomics, används ofta för att undersöka ITH samt för att upptäcka nya biomarkörer. Dock är biopsier väldigt små, vilket gör det extremt svårt att kombinera flera omics-analysmetoder på samma prov. Därför behövs innovativa lösningar som möjliggör integrering av flera omics-tekniker på ett och samma biopsiprov, för att få ut så mycket information som möjligt.

Beskrivning

I INTEGRIS siktar vi på att kombinera flera mikroskopi- och sekvenseringsmetoder för att applicera dem på samma tumörbiopsi. Vi kommer att utveckla ett integrerat arbetsflöde som omfattar: högkapacitets FISH (från engelska: fluorescence in situ hybridization), högkapacitets immunofluorescens, Spatial Transcriptomics och MARINDA – en ny metod som vi utvecklat för att sekvensera DNA och RNA från vävnad utan vävnadsnedbrytning. Metoderna ska tillämpas på bröstcancerprover från den kliniska PREDIX-LumB-studien på Karolinska Universitetssjukhuset, med fokus på kromatinets spatiala organisation.

Mål

Huvudmålet med detta projekt är att göra det möjligt att använda flera omics-analysmetoder på samma tumörbiopsi och därmed utvinna mer information ur varje prov. Genom vårt väletablerade samarbete med Prof. Theodoros Foukakis på Karolinska Institutet har vi tillgång till biopsier från flera kliniska studier, men antalet analyser vi kan göra på samma prov är i nuläget begränsat. Som vårt andra mål siktar vi på att använda verktygen vi utvecklar för att utforska kromatinets spatiella organisation i tumörbiopsier – ett nårainpå outforskat område.