Ekwall, Karl – Chromatin remodeling and histone modifications in cellular quiescence

Bakgrund

Vi vill förstå hur epigenetiska förändringar påverkar viktiga egenskaper hos 'vilande' celler. Cancerceller kan vara vilande och är därmed motståndskraftiga mot cellgifter. Alla celler i människan innehåller samma DNA sekvens och epigenetiska modifieringar av arvsmassan behövs för att DNA sekvensen skall kunna läsas av på rätt sätt i de olika celltyperna. Detta är en förutsättning för normal utveckling av kroppens olika vävnader. Människans 'epigenom' är en karta av alla dessa modifieringar och kartan ser olika ut beroende på vilken celltyp och vävnad den kommer ifrån. I projektet studerar vi hur epigenomet förändras hos vilande celler.

Beskrivning

Kromatinomformning är en epigenetisk förändring som påverkar geners uttryck genom att påverka genernas tillgänglighet i arvsmassan. Projektet handlar om tre epigenetiska enzymer. Paf1C (RNA Polymerase II associated protein) och Ino80C (Inositol requiring nucleosome remodeling factor) och Set1C/COMPASS (Complex Proteins Associated with Set1). Vi har tidigare visat att dessa tre epigenetiska enzymer är viktiga för att cellerna skall överleva i ’quiescence’. Vi vill kartlägga exakt hur Paf1C och Ino80C och Set1C påverkar epigenetiska tillstånd, modifikationer av arvsmassan och genuttryck i ’quiescence’ i två olika cellulära modellsystem.

Mål

Målet med det föreslagna projektet är att förstå hur epigenetiska förändringar påverkar celler i ’quiescence’. Denna grundläggande kunskap kan komma att bli viktig för framtida mer effektiva behandlingar mot cancerceller. Ett av proteinerna som ingår Paf1C heter LEO1 och vi vet att det är starkt överuttryckt i lungcancer. Patienter som har låga LEO1 nivåer överlever sin sjukdom mycket bättre än patienter med höga LEO1 nivåer. Vi har nyligen visat att LEO1 påverkar ’quiescence’ i humana celler och i det förslagna projektet kommer vi därför att studera i detalj hur LEO1 påverkar lungcancerceller.