Magsäcken ligger överst och något till vänster i bukhålan. Den är böjd som en banan, men större upptill än nertill. Magsäcken är en del av matsmältningskanalen, som börjar med munnen, fortsätter med matstrupen, magsäcken, tunntarmen, tjocktarmen, ändtarmen och slutar med analöppningen.
Där matstrupen övergår i magsäcken finns övre magmunnen. Den hindrar den sura magsaften från att komma upp i matstrupen och orsaka frätskador. Magsäckens nedersta del är den nedre magmunnen. Med en ringformad muskel släpper den ut maten i tolvfingertarmen, som är tunntarmens översta del.
Magsäcksväggen består av flera olika lager vävnad. Det yttersta lagret är bukhinnan. Därefter kommer bindväv, ett muskellager, ett nytt bindvävsskikt och sedan en slemhinna som är magsäcksväggens innersta lager.
Slemhinnan har en stor mängd körtelceller som utsöndrar de olika ämnen som finns i magsaften. En del av dessa celler tillverkar saltsyra, som gör magsaften starkt sur och frätande. Andra celler tillverkar ett slem som täcker magsäcksslemhinnan och som hindrar saltsyran från att fräta sönder slemhinnan. För mycket syra eller för lite slem kan bidra till magkatarr eller magsår.
Magsäckens viktigaste uppgift är att bearbeta maten och blanda den med magsaft så att den blir en tunnflytande välling. Det gör den genom att rytmiskt dra ihop sig. Ringmuskeln i nedre magmunnen stängs och öppnas så att maten i små portioner rinner ner i tolvfingertarmen. Efter en måltid tar det ungefär fyra timmar för magsäcken att tömmas på sitt innehåll.
De flesta näringsämnen i maten tas upp av tunntarmen innan resten rinner in i tjocktarmen. Tjocktarmen suger upp vatten så att ”vällingen” från tunntarmen blir till avföring.